Nie ma to za bardzo znaczenia jaką masz wersję toolsetu (tzn. GECKa, czy ze strony Bethesdy, czy ze Steama), ale na Steamie jest wersja GECKa, więc jeśli w tym tkwi problem, to łatwo go rozwiązać.
Tak czy inaczej toolset sam się instaluje tam, gdzie powinien, skądkolwiek go weźmiesz. Odpalasz go potem, zaznaczasz w okienku moduły, które chcesz załadować (FalloutNV.esm to oczywiście obowiązkowa część, to baza do wszystkich modułów) i tyle. Jeśli nie masz własnego pliku ESP, to nie zaznaczaj żadnego jako "active", po odpaleniu toolsetu wciśnij "Save" i utworzy się nowy, tzn. twój. Generalnie, zamiast odpalać filmiki z sieci, wejdź na wikię GECKa i poczytaj o podstawach. Trochę to dziwne, że masz problem z samym odpaleniem toolsetu z załadowanymi modułami, bo to czysta łopatologia.
Jakby co, zrób parę printscreenów z tego co robisz i tu zamieść, będzie łatwiej zrozumieć co jest nie tak.