Po pierwsze - nie można mieszać fabuły dwóch pierwszych części z resztą gier z serii - w ten sposób można uzyskać jedynie papkę
Normalne jest to że prywatne firmy pracują na państwowych kontraktach, szczególnie to widać w USA - chyba większość ich nowoczesnego uzbrojenia pochodzi z prywatnych firm. Vault-Tech było raczej prywatną firmą, jednak jej krypty były eksperymentem na szeroką skale, co można wyczytać w FB. Krypta 13 była celowo wyposażona tylko w jeden Water Chip.
Co do FEV to jednoznacznie z F1 wynika - powstał w placówce West-tech i pierwotnie miał zapewniać odporność przed chorobami, gdzie pracowano również nad bronią laserową i (nie jestem pewien na 100%) pancerzami wspomaganymi. Przed wojną przeniesiono badania do bazy Mariposa, i jak dobrze pamiętam miało to związek z pewnymi wypadkami jak i faktem że sama baza była narażona na atak.
Z bazy Mariposa wywodzi się również BoS - który na początku był grupą żołnierzy, która się zbuntowała. Po tym jak bomby spadły i nie było łączności z dowództwem, odkryli eksperymenty naukowców i ich zamordowali. Nie chcąc zostać w bazie, wyruszyli w wielkim marszu do rządowego bunkra w Lost Hills. Nigdy nie miała to być globalna organizacja.
Edit: przejrzałem dział z holodyskami, zbuntowali się jeszcze przed wojną ale i tak za późno, by rząd to mógł zauważyć.